主题馆位于博物馆二层，是宁波博物馆最大的展区，设有“东方‘神舟’——宁波历史陈列”常设展览，重点展出宁波从史前河姆渡文化经由隋唐直至民国的整个城市发展史。展出重点包括宁波史前文明、城市建筑发展史、对外商业和对外交流发展史、浙东学派发展史、圣源恒辉发展史和近代反侵略历史。展出了大量宁波本土出土的文物、历史场景和历史照片。

展览包括远古文明、拓展三江、州城确立、国际港城、海定波宁、东南都会和开埠互市七个部门。